تُعتمد جامعة الأندلس نظامًا فصليًا في التعليم، حيث ينقسم العام الدراسي إلى فصلين دراسيين يتم فيهما تسجيل الطلاب المنتظمين وطلاب التعلم عن بعد. مدة الدراسة للحصول على درجة البكالوريوس في جميع الكليات هي أربع سنوات (ثمانية فصول دراسية) كحد أدنى، بينما مدة الدراسة للحصول على درجة الدبلوم هي سنتان (أربعة فصول دراسية).
تتضمن شروط القبول في برامج التعليم عن بعد بالجامعة أن يكون الطالب حاصلًا على شهادة الثانوية العامة أو ما يعادلها، وأن يكون معدله الدراسي يؤهله للالتحاق بالقسم الذي يرغب فيه، وفقًا لتقديرات وزارة التعليم العالي. يتعين على الطلاب اجتياز امتحان القبول في التخصصات التي تستدعي ذلك، مثل تخصص علوم القرآن. كما يجب على الطالب تقديم كافة الوثائق المطلوبة مع طلب الالتحاق ودفع الرسوم المقررة، مع تعهده بالالتزام بأنظمة وتعليمات الجامعة.
بالنسبة للطلاب الراغبين في الالتحاق بتخصص علوم القرآن، يجب أن يكون الطالب حافظًا لما لا يقل عن خمسة أجزاء من القرآن الكريم، مع اجتيازه للمقابلة الشخصية التي تشمل التحقق من سلامة النطق والقدرة على التلاوة بشكل صحيح. بالإضافة إلى ذلك، يجب على الطالب الالتزام بحضور الجانب العملي لمادة القرآن الكريم، حيث يُحرم الطالب من دخول الامتحان النهائي إذا لم يحضر هذا الجانب.
تتضمن إجراءات القبول والتسجيل في التعليم عن بعد مراجعة نظام الجامعة وشروط القبول، ثم تقديم الوثائق المطلوبة ودفع الرسوم المقررة، واستلام إشعار بالقبول وبطاقة هوية جامعية. كما يُسمح للطلاب بالتحويل بين الأقسام داخل الجامعة أو من جامعات أخرى بشرط استيفاء الشروط المقررة، وتقديم طلبات رسمية مع تسديد رسوم التحويل.
تُعقد الامتحانات في المركز الرئيسي أو في المكاتب المنتشرة في المدن والمحافظات، بإشراف لجان مختصة. يُسمح للطلاب بإجراء الامتحانات في مراكز مختلفة بعد الحصول على موافقة عمادة التعليم عن بعد. لا يمكن للطلاب دخول الامتحانات إلا بعد تسديد الرسوم الدراسية بالكامل، وتُخصص 80% من الدرجة النهائية للامتحان النهائي، و10% للأعمال الفصلية، و10% للمشاركة في الأنشطة الإلكترونية.
تسمح الجامعة أيضًا بفرص للتحويل بين نظام الدراسة المنتظم ونظام التعلم عن بعد وفق شروط معينة، بما في ذلك دفع الرسوم المناسبة لكل نظام. في حالة الرسوب في أكثر من خمسة مقررات، يُطلب من الطالب إعادة المستوى الدراسي. يُسمح للطلاب بوقف القيد لمدد محددة، مع إمكانية إعادة فتح القيد بعد سداد الرسوم المقررة.
يوفر نظام التعلم عن بعد في جامعة الأندلس استخدام الأدوات التقنية مثل الإنترنت والبريد الإلكتروني ومنصات التواصل الاجتماعي، مما يتيح للطلاب التفاعل مع أساتذتهم وزملائهم والمشاركة في الأنشطة الدراسية.